Fiz upgrade e fui cobrado de um valor parcial — por quê?

Isso é proração, e é esperado.

Quando você faz upgrade no meio de um ciclo de faturamento, cobramos apenas pelos dias restantes do seu período atual, na tarifa do novo plano. Depois, na sua próxima data de faturamento, você é cobrado do preço cheio do plano, como de costume.

Então uma cobrança menor do que o esperado logo após o upgrade não é um erro — é o complemento proporcional que cobre o resto deste ciclo. Veja Como funciona o preço? para os preços dos planos.